都指挥使司为明代地区军事总机构，长官有都指挥使1人（正二品）、都指挥同知2人（从二品）、都指挥佥事4人（正三品），其属有经历司经历（正六品）、都事（正七品）。断事司断事（正六品）、副断事（正七品）、吏目各1人。司狱司司狱（从九品），仓库、草场、大使、副使各一人。行都指挥使司，设官与都指挥使司同。长官之中有一人统司事，称掌印，简称都司，位次在布、按两司之上。《明史·职官志五》说：“都司掌一方之军政，各率其卫所以隶于五府，而听于兵部。” 
　　
　　卫指挥使司设官与京卫同。外卫皆统于都司及行都司。卫以下为千户所，千户所又辖百户所。千户所有正千户1人（正五品），副千户2人（从五品），镇抚2人（从六品）。其属吏目1人。千户所辖百户所10个，共有百户10人（正六品），总旗20人，小旗100人。刑狱则归镇抚掌管。凡卫所皆隶于都司，而都司又分隶于五军都督府。自卫所以下，其官兵多世袭，这是明代特殊制度之一。 
　　
　　都督府的都督名称后来变为空头的官阶，而统兵之官则须别加总兵、副总兵、参将、游击将军、守备、把总等名目。《明史·职官志五》：“总镇一方者为镇守，独镇一路者为分守，各守一城一堡者为守备，与主将同守一城者为协守。又有提督、提调、巡视、备御、领班、备倭等名。凡总兵、副总兵一职均须有公、侯、伯、都督爵衔者充任。其总兵挂印称将军者，云南曰征南将军，大同曰征西将军，湖广曰平蛮将军，两广曰征蛮将军……其在蓟镇、贵州、湖广、四川及儹运淮安者，不得称将军挂印。宣德间，又设山西、陕西二总兵。嘉靖间，分设广东、广西、贵州、湖广二总兵为四，改设福建、保定副总兵为总兵，又添设浙江总兵。万历间，又在临洮、山海增设总兵。至明代末年，总兵官增置繁多，不可胜记。总兵在明代本为无品级之差委，至清代则为正二品的正规武职。 
　　
　　此外，还有军民府、土州、土县，其官员设置，与府、州、县制相同。