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洪武三十一年（1398年），朱元璋死，因太子朱标早死，皇太孙朱允炆继位，年号建文，是为建文帝。建文帝即位后，即与亲信大臣齐泰，黄子澄等密谋削藩，决定先削那些力量较小的藩王，于是首先袭执周王朱炆（燕王朱棣的同母弟），把他废为庶人，又拘代王朱桂于大同，囚齐王朱炆于京师，湘王朱柏自焚死。与此同时，也在北平周围及城内部署兵力，又以防边为名，把燕王的护卫精兵调出塞外戍守，准备削除燕王。建文帝以为准备停当了，便秘密下令擒拿燕王，但是没有成功，燕王朱棣即起兵南下。这时建文帝已无大将可用，因为元功宿将早已被朱元璋除掉，只好起用幸存的老将耿炳文统兵北伐，又派纨袴子弟李景隆继续讨伐，均被朱棣打得大败。战争历时四年（1399—1402年），结果朱棣得胜，占领南京，即皇帝位，年号永乐，是为明成祖。建文帝下落不明，或说于宫中自焚死，或说由地道逃去，隐藏于云、贵一带为僧。